A la muerte de Manuela Malasaña, en los trágicos sucesos madrileños del Dos de Mayo de 1808, el capitán Zamorano es encargado de trasladar una bolsa desde Madrid a su regimiento asentado en Extremadura y entregarla al teniente coronel Díaz Porlier. Le acompaña Sartenes, un preso de la Cárcel de Casa y Corte que ha sido liberado para combatir a los franceses y pronto se les suma una bordadora amiga de Manuela, Teresa. El contenido de la bolsa es de la máxima importancia para el rey Fernando VII: nada menos que las claves para descubrir, recuperar, custodiar y devolver las muchas riquezas de su patrimonio real.
La invasión napoleónica obliga a los protagonistas a formar una partida de guerrilleros que, a lo largo de la Guerra de la Independencia, combate a las tropas francesas. Pero otra nueva misión les aguarda: rescatar el tesoro del rey cautivo escondido en un Madrid ocupado y sometido.
Allí, el maestro Ezequiel, un grupo de judíos asentados en Madrid y Cayetana, la marquesa de Laguardia, vivirán junto a los otros personajes una serie de tramas de intriga política, rivalidades amorosas y aventuras emocionantes que les llevarán a situaciones al límite de las pasiones humanas.
Todo ello en plena guerra y en un Madrid gobernado por un rey impuesto, José Bonaparte, conocido popularmente como Pepe Botella. Un monarca que quiso ser un buen rey y al que las circunstancias lo convirtieron en un malvado sin culpa.
El fin de la Guerra de la Independencia, en marzo de 1814, con la expulsión de los franceses de España y el retorno de Fernando VII, parece poner fin a las peripecias del capitán Zamorano y de los suyos. Pero la abolición de la Constitución nacida en las Cortes de Cádiz en 1812, la supresión del régimen liberal y la implantación del absolutismo por parte del necio Fernando VII, obliga a los protagonistas a rebelarse de nuevo para recobrar las libertades perdidas.
El secreto del rey cautivo es, así, una novela de aventuras, intriga y amor en la España de los primeros años del siglo XIX. La recuperación de un episodio poco recordado de la historia de España, encarnado por las peripecias de unos personajes que nos devuelven la dimensión real de unos hechos capitales del pasado de nuestro país.
